Merci d’avoir assisté si nombreux à notre réunion du 7 mai, en débit du temps superbe et du match de hockey.
Un merci tout particulier aux trois excellents présentateurs, et à notre nouveau commanditaire, Illumina.
Nous espérons avoir des présentateurs de très haut calibre pour nos prochaines réunions, donc nous espérons vous y voir nombreux.
Aussi, n’hésitez pas à nous contacter à info@monbug.ca si vous voulez vous porter volontaire pour une présentation.
Nous allons annoncer l’agenda de la réunion de juin dès que la liste de présentateurs est finalisée, donc restez à l’écoute. 🙂
Agende de la réunion du 7 mai (Agenda de la réunion de juin à suivre)
Vous pouvez vous inscrire à http://www.meetup.com/monbug, ou en nous envoyant un courriel à inscription@monbug.ca, si vous préférez.
Nous voulons souhaiter la bienvenue à notre nouveau parrain, Illumina! Plus de 90% des données d’ADN produites à ce jour proviennent de machines Illumina (Regalado, 2014). Nous allons bientôt annoncer des projets collaboratifs avec Illumina, notamment sur le Illumina BaseSpace.
Encore une fois, nous avons trois excellents présentateurs.
David Bujold va présenter le portail GenAP, qui sera bientôt un outil essentiel pour toute personne faisant des analyses génomiques au Canada.
Nadia Tahiri va présenter sa recherche sur le développement de nouveaux algorithmes pour construire des arbres phylogénétiques.
Nehme Hachem va présenter son analyse bioinformatique des impacts des substances chimiques sur la santé humaine, d’une perspective toxicogénomique.
Nous avons délibérément choisi d’avoir des présentations et des réunions courtes. Si voulez poursuivre la discussion après la réunion, vous êtes les bienvenus.
16:00 – 16:10 Introduction, et questions, commentaires ou annonces des participants, Alexis Blanchet-Cohen
16:10 – 17:00 « Améliorer l’accessibilité aux outils bioinformatiques via le portail GenAP », David Bujold (McGill)
17:00 – 17:15 Rafraîchissements et collations
17:15 – 17:45 « Algorithmes bioinformatiques pour la reconstruction d’arbres consensus et de super-arbres multiples », Nadia Tahiri (UQAM)
17:45 – 18:00 « Déterminer l’impact des substances chimiques sur la santé humaine d’une perspective toxicogénomiqe », Nehme Hachem (IRCM)
Résumé de la présentation sur le portail GenAP de David Bujold (traduit de l’anglais)
« Puisque les pipelines d’analyse de GenAP ont déjà été le sujet d’une présentation à MonBUg, cette présentation portera sur le portail Web de GenAP.
Le portail GenAP (« Genetics and Genomics Analysis Platform ») est une plateforme en-ligne conçue pour les chercheurs en sciences de la vie. Les objectifs du portail sont de rendre plus accessibles les analyses bioinformatiques et le partage de données aux non-bioinformaticiens, et réduire les embouteillages associés aux traitements de données génomiques. Pour atteindre ces objectifs, GenAP fournit une interace Web avec des outils d’analyse conviviaux qui tirent avantage des ressources de Calcul Canada, comme un miroir UCSC Genome Browser et le portail de données IHEC. »
Résumé de la présentation sur les arbres phylogénétiques par Nadia Tahiri
« Nous présenterons de nouveaux algorithmes permettant d’affiner l’inférence d’arbres consensus et de super-arbres obtenus par regroupement d’arbres phylogénétiques (i.e., arbres additifs ou X-arbres). L’avantage de notre approche par rapport à l’approches classique, qui retournent toujours un arbre unique (i.e., arbre consensus ou super-arbre), est que nos algorithmes proposent comme solution un ou plusieurs arbres (i.e., arbre consensus ou super-arbre) dépendamment des topologies d’arbres fournies en entrée. Nous utilisons l’algorithme des k-moyennes pour obtenir le partitionnement optimal de l’ensemble des arbres considérés. Nous appliquerons les algorithmes proposés pour analyser de nombreux jeux de données réelles et simulées. »