(Désolé, la version française sera en-ligne d’ici peu.)
The NGS data analysis is full. Thanks to everyone who registered. Looking forward to seeing you Friday.
If you’d still like to attend, you can always put yourself on the waiting list on Meetup (http://meetup.com/monbug), and hope someone cancels.
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Join us for a day long workshop at IRCM on Friday, July 8th, on next-generation (NGS) data analysis. This workshop is open to participants of all levels, and all backgrounds, including wet-lab biologists who have no experience in bioinformatics.
A nominal attendance fee (20$) will be charged to raise funds to cover the operating costs of MonBUG. We’ll use the funds raised to cover the daily costs of running MonBUG (t-shirts, snacks and beverages for meetings, website hosting, …)
MonBUG is a registered non-profit. We’ll provide official receipts to those who request them. You can pay cash or by check. Credit card payments are a bit more complicated, but we’ll see if we can make arrangements.
Tentative schedule
9:30 – 10:30 Introduction to Unix, and the queuing system, on a computing cluster
10:30 – 11:00 Overview of the main file types for NGS
11:00 – 12:00 Introduction to the main steps of an RNA-Seq analysis
12:00 – 12:45 Lunch break
12:45 – 13:15 A practice RNA-Seq analysis, using the Unix command line
13:15 – 13:45 Introduction to ChIP-Seq analysis, using the Unix command line
13:45 – 14:15 A practice ChIP-Seq analysis, using the Unix command line
14:15 – 14:45 Introduction to Exome-Seq analysis, using the Unix command line
14:45 – 15:15 A practice Exome-Seq analysis
15:15 – 16:15 A few examples of how use Galaxy, a Web interface for the most commonly used tools in NGS data analysis
16:15 – 17:00 Question period.
Don’t hesitate to advertise this event among your colleagues!
Feel free to bring your own dataset, and to prepare questions for the workshop.
The wiki for the workshop is under active construction, and will contain all the information about the event.
MonBUG workshop – June 8th 2016
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Le hackathon aura lieu dans le cadre du HackerFest du Startupfest. Vous pouvez vous inscrire tout de suite sur le site du HackerFest. Vous n’avez qu’à choisir l’option biohackathon lors de l’inscription.
http://www.startupfestival.com/hackerfest
Nous allons disposer d’une tente dans le Vieux Port de Montréal pour 24 heures, avec tout le nécessaire fourni (courant, Internet, …). Nous pourrons y travailler sur des défis bioinformatiques impliquant l’apprentissage machine.
Il y a des frais d’inscription de 15$, mais ces frais incluent le café, les collations et le petit déjeuner. Le site sera ouvert uniquement aux participants officiellement inscrits de vendredi 17:00 à samedi 10:00. Vous devriez pouvoir entrer dans le site et participer au hackathon sans inscription après samedi 10:00, mais je vous encourage à vous inscrire officiellement pour soutenir l’événement.
Il y aura 5 DREAM challenges.
The Digital Mammography DREAM Challenge
Disease Module Identification DREAM Challenge
Respiratory Viral DREAM Challenge*
ENCODE-DREAM in vivo Transcription Factor Binding Site Prediction Challenge
ICGC-TCGA DREAM Somatic Mutation Calling RNA Challenge (SMC-RNA)
À la fin du hackathon, vous pourrez présenter votre travail à vos collègues. Nous déciderons les gagnants en se basant sur vos présentations. Les DREAM challenges sont ouverts pendant plusieurs mois, donc vous n’avez pas à partager tout votre code avec nous si vous ne voulez pas. Si vous voulez vous pouvez partager avec nous que votre rang sur le tableau des classements. Vous aurez aussi l’opportunité de partager avec nous votre l’ensemble de votre travail à une réunion de MonBUG après la fermeture des DREAMS challenges.
Le hackathon est tenu en collaboration avec Bricobio de de Kevin Chen. Merci à Kevin de nous avoir invité!
La plupart d’entre nous proviennent du monde académique, mais les organisateurs du Startupfest ont enthousiasment encouragé notre participation à l’événement. Il y aura d’excellents programmeurs sur place, et de belles opportunités de collaboration.
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Nous allons reprendre nos rencontres régulières en septembre.
Si vous voulez partager votre recherche avec nous à l’une de nos réunions en 2016-2017, ou si vous voulez suggérer un présentateur, n’hésitez pas à contacter un des organisateurs.