Novembre 2022

Les progrès des technologies de séquençage du génome entier ont ouvert l’utilisation d’approches génomiques pour étudier une variété d’organismes et ont permis des études à l’échelle du génome entier dans des organismes non modèles. L’annotation du génome est une étape fondamentale pour extraire diverses informations biologiques à partir de séquences qui sont autrement des chaînes de caractères incompréhensibles pour l’homme.
Les épinettes (gen. Picea) sont des espèces clés de nombreux écosystèmes boréaux et montagneux, avec une importance économique considérable pour les pays situés aux latitudes nordiques plus élevées, comme le Canada. La génomique a été essentielle pour comprendre la biologie évolutive des épicéas et caractériser leur diversité génétique. Les génomes d’épinette ont une grande taille de génome et une grande répétitivité, limitant la génération d’assemblages de génomes et d’annotations de gènes de haute qualité. Les annotations du génome de quatre taxons d’épinette, Picea engelmannii (épinette d’Engelmann), Picea sitchensis (épinette de Sitka), Picea glauca (épinette blanche) et un introgress naturel de ces trois espèces, l’épinette intérieure, ont été récemment publiées. Cet ensemble de données unique permet l’étude de la relation phylogénomique entre les épicéas nord-américains, ce qui n’était auparavant pas possible sans un génome de référence. Nous avons identifié plusieurs gènes sous sélection positive et des familles de gènes en expansion rapide. Ces analyses renforcent notre compréhension de l’évolution du génome des conifères car leur comparaison offre des indices sur la base génétique de l’adaptation et de l’écologie des conifères.
La famille d’insectes très diversifiée des vrais charançons, les Curculionidae, comprend de nombreux ravageurs agricoles et forestiers. Pissodes strobi, communément appelé charançon de l’épinette, est un ravageur important des forêts d’épinettes en Amérique du Nord. Les larves du charançon de l’épinette se nourrissent des pousses apicales des jeunes arbres, provoquant un retard de croissance et peuvent détruire les forêts d’épinettes en régénération. Nous rapportons les assemblages et les annotations des génomes du charançon de l’épinette et du génome d’un endosymbionte apparent de Wolbachia. Comparativement aux ressources génomiques existantes pour des espèces étroitement apparentées, le génome du charançon de l’épinette est complexe, hautement hétérozygote, riche en répétitions et significativement plus grand que celui d’autres ravageurs forestiers séquencés. D’autres études peuvent nous permettre de mieux comprendre les caractéristiques génomiques du charançon qui influencent son potentiel de perturbation contre les forêts d’épinettes en Amérique du Nord.