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Rejoignez-nous ce 09 novembre \u00e0 16h30 pour \u00e9couter Dre\u00a0Kristina Gagalova<\/b>\u00a0qui a fait son doctorat. en bio-informatique \u00e0 l’Universit\u00e9 de la Colombie-Britannique, chez Michael Smith Centre g\u00e9nomique des sciences du Canada \u00e0 Vancouver et actuellement bio-informaticienne chez Willow Biosciences Inc.<\/p>\n
Titre:<\/b>
\nG\u00e9nomique comparative des esp\u00e8ces cl\u00e9s dans les for\u00eats canadiennes : une \u00e9tude des g\u00e9nomes complexes de l’\u00e9pinette et du charan\u00e7on de l’\u00e9pinette.<\/p>\n<\/div>\nDescription:<\/b><\/div>\nLes progr\u00e8s des technologies de s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome entier ont ouvert l’utilisation d’approches g\u00e9nomiques pour \u00e9tudier une vari\u00e9t\u00e9 d’organismes et ont permis des \u00e9tudes \u00e0 l’\u00e9chelle du g\u00e9nome entier dans des organismes non mod\u00e8les. L’annotation du g\u00e9nome est une \u00e9tape fondamentale pour extraire diverses informations biologiques \u00e0 partir de s\u00e9quences qui sont autrement des cha\u00eenes de caract\u00e8res incompr\u00e9hensibles pour l’homme.
\nLes \u00e9pinettes (gen. Picea) sont des esp\u00e8ces cl\u00e9s de nombreux \u00e9cosyst\u00e8mes bor\u00e9aux et montagneux, avec une importance \u00e9conomique consid\u00e9rable pour les pays situ\u00e9s aux latitudes nordiques plus \u00e9lev\u00e9es, comme le Canada. La g\u00e9nomique a \u00e9t\u00e9 essentielle pour comprendre la biologie \u00e9volutive des \u00e9pic\u00e9as et caract\u00e9riser leur diversit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique. Les g\u00e9nomes d’\u00e9pinette ont une grande taille de g\u00e9nome et une grande r\u00e9p\u00e9titivit\u00e9, limitant la g\u00e9n\u00e9ration d’assemblages de g\u00e9nomes et d’annotations de g\u00e8nes de haute qualit\u00e9. Les annotations du g\u00e9nome de quatre taxons d’\u00e9pinette, Picea engelmannii (\u00e9pinette d’Engelmann), Picea sitchensis (\u00e9pinette de Sitka), Picea glauca (\u00e9pinette blanche) et un introgress naturel de ces trois esp\u00e8ces, l’\u00e9pinette int\u00e9rieure, ont \u00e9t\u00e9 r\u00e9cemment publi\u00e9es. Cet ensemble de donn\u00e9es unique permet l’\u00e9tude de la relation phylog\u00e9nomique entre les \u00e9pic\u00e9as nord-am\u00e9ricains, ce qui n’\u00e9tait auparavant pas possible sans un g\u00e9nome de r\u00e9f\u00e9rence. Nous avons identifi\u00e9 plusieurs g\u00e8nes sous s\u00e9lection positive et des familles de g\u00e8nes en expansion rapide. Ces analyses renforcent notre compr\u00e9hension de l’\u00e9volution du g\u00e9nome des conif\u00e8res car leur comparaison offre des indices sur la base g\u00e9n\u00e9tique de l’adaptation et de l’\u00e9cologie des conif\u00e8res.
\nLa famille d’insectes tr\u00e8s diversifi\u00e9e des vrais charan\u00e7ons, les Curculionidae, comprend de nombreux ravageurs agricoles et forestiers. Pissodes strobi, commun\u00e9ment appel\u00e9 charan\u00e7on de l’\u00e9pinette, est un ravageur important des for\u00eats d’\u00e9pinettes en Am\u00e9rique du Nord. Les larves du charan\u00e7on de l’\u00e9pinette se nourrissent des pousses apicales des jeunes arbres, provoquant un retard de croissance et peuvent d\u00e9truire les for\u00eats d’\u00e9pinettes en r\u00e9g\u00e9n\u00e9ration. Nous rapportons les assemblages et les annotations des g\u00e9nomes du charan\u00e7on de l’\u00e9pinette et du g\u00e9nome d’un endosymbionte apparent de Wolbachia. Comparativement aux ressources g\u00e9nomiques existantes pour des esp\u00e8ces \u00e9troitement apparent\u00e9es, le g\u00e9nome du charan\u00e7on de l’\u00e9pinette est complexe, hautement h\u00e9t\u00e9rozygote, riche en r\u00e9p\u00e9titions et significativement plus grand que celui d’autres ravageurs forestiers s\u00e9quenc\u00e9s. D’autres \u00e9tudes peuvent nous permettre de mieux comprendre les caract\u00e9ristiques g\u00e9nomiques du charan\u00e7on qui influencent son potentiel de perturbation contre les for\u00eats d’\u00e9pinettes en Am\u00e9rique du Nord.<\/div>\n