Avril - Mathieu Lajoie, Tariq Daouda, Nicolas De Jay¶
Détails de l'évènement
Date/Heure:
Mercredi, 1er avril 2015 16h00 - 18h00
Horaire:
16h00 — Introduction et opportunité pour tous de faire des annonces, de poser des questions, ou de faire des commentaires – Alexis Blanchet-Cohen, IRCM
16h15 — Mathieu Lajoie, PhD (CHU Ste-Justine) — « Personalized Targeted Therapy for Refractory Childhood Cancers »
17h00 — Pause (Collations et rafraîchissements)
17h15 — Tariq Daouda (IRIC) — « PyGeno: A Python package for Personalized Medicine and Proteogenomics »
17h45 — Nicolas De Jay (Lady Davis Institute) — Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur Git
Nous voulons remercier toutes les personnes qui ont contribué à la réussite de la rencontre d'avril: les présentateurs, les parrains, les participants et toutes les personnes qui travaillent derrière la scène à la réussite de MonBUG. Merci surtout à notre nouveau parrain, le Département de Génétique Humaine de McGill.
Nous avons reçu de bons retours sur l'auditorium plus grand, donc nous allons continuer de l'utiliser. La salle a une capacité de 150 personnes, donc n'hésitez pas à venir avec tous vos collègues et amis.
Nous avons délibérément choisi d'avoir des rencontres de courte durée, mais vous pouvez rester après la fin de la réunion pour poursuivre la discussion.
Conférencier principal: Mathieu Lajoie, PhD
Affiliation: CHU Ste-Justine
Titre de la présentation: Personalized Targeted Therapy for Refractory Childhood Cancers
Résumé:
In Canada, about 1500 pediatric cancers are diagnosed each year. Despite improvements in risk-based treatment protocols, ~20% of childhood cancer patients do not respond to current therapies and ultimately succumb to their disease, urging the need for new and more effective therapeutic approaches. Since individual tumours of the same clinical type harbour diverse sets of genomic alterations that drive oncogenesis and modulate drug response, personalized targeted therapy based on next generation sequencing may be a key to increase curerates and decrease treatment-related morbidity and mortality.
In this project, we implemented an automated pipeline to identify single nucleotide variants, indels, gene fusions, and copy number variations from DNA and RNA sequencing data. We use Perl wrappers to encapsulate well-established softwares (e.g. Bowtie2, STAR, PicardTools) and connect them using a common interface. Our goal is to detect prognostic markers and drug-actionable targets in a rapid and standardized way, going from biopsy to detailed tumour analysis within a clinically-relevant timeframe. Actionable variations are validated by re-sequencing or qPCR, detailed in a report with supportive information and communicated to the physician. Preliminary results on 10 cases indicate the feasibility and great potential of our approach; indeed, the final report can be in the treating oncologist's hands in less than 8 weeks. This represents a first step towards the implementation of a targeted therapy program for children with relapse or refractory cancer.
Conférencier: Tariq Daouda
Affiliation: IRIC
Titre de la présentation: PyGeno: A Python package for Personalized Medicine and Proteogenomics
Conférencier: Nicolas De Jay
Affiliation: Lady Davis Institute
Titre de la présentation: Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur Git
Liens: