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Février - Zineb Mohssine, Assya Trofimov

Détails de l'évènement

Date/Heure:

Mercredi, 10 février 2021 16h30

Lieu:

Emplacement: En ligne (Jitsi / YouTube Live)

Horaire:

16:30 — Zineb Mohssine — Analyse métagénomique du microbiome de l’écosystème marin
17:00 — Assya Trofimov — Factorized embeddings learns rich and biologically meaningful embedding spaces using factorized tensor decomposition

Nous sommes très heureux d’annoncer la date de notre premier meeting de 2021! Le meeting sera virtuel, avec deux courtes présentations.

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Conférencier: Zineb Mohssine

Titre de la présentation: Analyse métagénomique du microbiome de l’écosystème marin

Résumé:

La métagénomique est une branche de bio-informatique qui permet d’étudier la diversité des organismes qui ne sont pas détectables au microscope ou non culturables. Zineb nous parlera de l’historique de la métagénomique, de la diversité de l’écosystème marin et des techniques utilisées pour générer des informations sur la composition et la diversité des échantillons d’eau.

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Conférencière: Assya Trofimov

Titre de la présentation: Factorized embeddings learns rich and biologically meaningful embedding spaces using factorized tensor decomposition

Résumé:

Assya s’intéresse à l’apprentissage de représentations pour la génomique. Elle nous parlera de l’algorithme d’apprentissage profond de réduction de dimensionnalité qu’elle a développé (référence plus bas). Appliqués aux données de RNA-Seq, les factorized embeddings peuvent être vus comme une version compressée des données, mais une version qui conserve l’information biologique pertinente liée aux gènes et aux échantillons.

Trofimov et al., Factorized embeddings learns rich and biologically meaningful embedding spaces using factorized tensor decomposition, Bioinformatics, July 2020, Pages i417–i426, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa488

Retour sur la rencontre

MonBUG a officiellement lancé ses rencontres de 2021. Merci à tous pour votre présence à la rencontre du mois de février. Nous avons assisté à deux captivantes présentations de Zineb Mohssine et d’Assya Trofimov et nous avons eu d’intéressantes questions et discussions. Pour ceux qui n’auraient pu assister à la rencontre, l’enregistrement est disponible sur notre chaîne YouTube.

Liens: