Mars - Mathieu Lajoie, Selin Jessa

Détails de l'évènement

Date/Heure:

Mercredi, 14 mars 2018 17h00 - 18h45

Lieu:

Emplacement: Salle André-Barbeau, IRCM

Horaire:

17:00 – 17:05 — Introduction et annonces communautaires
17:05 – 17:45 — « Getting reliable estimates of tumour purity to improve downstream analyses », Mathieu Lajoie, PhD, Watson lab
17:40 – 18:05 — Pause, avec collations et rafraîchissements
18:05 – 18:45 — An introduction to Bioconductor package development, Selin Jessa, Kleinman lab

MonBUG est de retour, avec l’arrivée du printemps!

Cette réunion porte entièrement sur l’utilisation de R dans les analyses bio-informatiques.

Mathieu Lajoie, PhD, nous présentera comment il utilise R dans ses analyses génétiques. Selin Jessa, auteur du package R, chromswitch, nous expliquera les étapes pour soumettre son propre package à Bioconductor, le « dépôt » pour les « packages » bio-informatiques.

Conférencier: Mathieu Lajoie, PhD

Affiliation: Watson lab

Titre de la présentation: Getting reliable estimates of tumour purity to improve downstream analyses

Résumé:

Getting reliable estimates of tumour purity to improve downstream analyses. Solid tumour samples are usually contaminated with a highly variable fraction of infiltrating lymphocytes and stromal cells. In this presentation I will describe different approaches to estimate the cancer cell fraction and discuss how this can impact RNAseq and copy number analysis, using TCGA data. R code snippets included.

Conférencier: Selin Jessa

Affiliation: Kleinman lab

Titre de la présentation: An introduction to Bioconductor package development