Mai - David Bujold, Nadia Tahiri, Nehme Hachem¶
Détails de l'évènement
Date/Heure:
Jeudi, 7 mai 2015 16h00 - 18h00
Lieu:
Emplacement: Auditorium principal, IRCM
Horaire:
16h00 - 16h10 — Introduction, et questions, commentaires ou annonces des participants, Alexis Blanchet-Cohen
16h10 - 17h00 — David Bujold (McGill) — « Améliorer l'accessibilité aux outils bioinformatiques via le portail GenAP »
17h00 - 17h15 — Rafraîchissements et collations
17h15 - 17h45 — Nadia Tahiri (UQAM) — « Algorithmes bioinformatiques pour la reconstruction d'arbres consensus et de super-arbres multiples »
17h45 - 18h00 — Nehme Hachem (IRCM) — « Déterminer l'impact des substances chimiques sur la santé humaine d'une perspective toxicogénomique »
Merci d'avoir assisté si nombreux à notre réunion du 7 mai, en dépit du temps superbe et du match de hockey. Un merci tout particulier aux trois excellents présentateurs, et à notre nouveau commanditaire, Illumina.
Nous voulons souhaiter la bienvenue à notre nouveau parrain, Illumina! Plus de 90% des données d'ADN produites à ce jour proviennent de machines Illumina (Regalado, 2014). Nous allons bientôt annoncer des projets collaboratifs avec Illumina, notamment sur le Illumina BaseSpace.
Nous avons délibérément choisi d'avoir des présentations et des réunions courtes. Si vous voulez poursuivre la discussion après la réunion, vous êtes les bienvenus.
Conférencier: David Bujold
Affiliation: McGill
Titre de la présentation: Améliorer l'accessibilité aux outils bioinformatiques via le portail GenAP
Résumé:
(Traduit de l'anglais) Puisque les pipelines d'analyse de GenAP ont déjà été le sujet d'une présentation à MonBUG, cette présentation portera sur le portail Web de GenAP.
Le portail GenAP (« Genetics and Genomics Analysis Platform ») est une plateforme en-ligne conçue pour les chercheurs en sciences de la vie. Les objectifs du portail sont de rendre plus accessibles les analyses bioinformatiques et le partage de données aux non-bioinformaticiens, et réduire les embouteillages associés aux traitements de données génomiques. Pour atteindre ces objectifs, GenAP fournit une interface Web avec des outils d'analyse conviviaux qui tirent avantage des ressources de Calcul Canada, comme un miroir UCSC Genome Browser et le portail de données IHEC.
Conférencier: Nadia Tahiri
Affiliation: UQAM
Titre de la présentation: Algorithmes bioinformatiques pour la reconstruction d'arbres consensus et de super-arbres multiples
Résumé:
Nous présenterons de nouveaux algorithmes permettant d'affiner l'inférence d'arbres consensus et de super-arbres obtenus par regroupement d'arbres phylogénétiques (i.e., arbres additifs ou X-arbres). L'avantage de notre approche par rapport à l'approches classique, qui retournent toujours un arbre unique (i.e., arbre consensus ou super-arbre), est que nos algorithmes proposent comme solution un ou plusieurs arbres (i.e., arbre consensus ou super-arbre) dépendamment des topologies d'arbres fournies en entrée. Nous utilisons l'algorithme des k-moyennes pour obtenir le partitionnement optimal de l'ensemble des arbres considérés. Nous appliquerons les algorithmes proposés pour analyser de nombreux jeux de données réelles et simulées.
Conférencier: Nehme Hachem
Affiliation: IRCM
Titre de la présentation: Déterminer l'impact des substances chimiques sur la santé humaine d'une perspective toxicogénomique
Résumé:
Nehme Hachem va présenter son analyse bioinformatique des impacts des substances chimiques sur la santé humaine, d'une perspective toxicogénomique.
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