Juillet - Atelier sur l'analyse de données NGS et DREAM Challenges hackathon¶
Détails de l'évènement
Date/Heure:
Vendredi, 8 juillet 2016 09h30 - 17h00
Lieu:
Emplacement: IRCM (atelier); tente du HackerFest, Vieux-Port de Montréal (hackathon)
Horaire:
09h30 - 10h30 — Introduction à Unix et au système de files d'attente sur une grappe de calcul
10h30 - 11h00 — Survol des principaux types de fichiers NGS
11h00 - 12h00 — Introduction aux principales étapes d'une analyse RNA-Seq
12h00 - 12h45 — Pause dîner
12h45 - 13h15 — Analyse RNA-Seq pratique, en ligne de commande Unix
13h15 - 13h45 — Introduction à l'analyse ChIP-Seq, en ligne de commande Unix
13h45 - 14h15 — Analyse ChIP-Seq pratique, en ligne de commande Unix
14h15 - 14h45 — Introduction à l'analyse Exome-Seq, en ligne de commande Unix
14h45 - 15h15 — Analyse Exome-Seq pratique
15h15 - 16h15 — Quelques exemples d'utilisation de Galaxy, une interface Web pour les outils les plus utilisés en analyse de données NGS
16h15 - 17h00 — Période de questions
Un atelier d'une journée à l'IRCM sur l'analyse de données de séquençage de nouvelle génération (NGS), ouvert aux participants de tous les niveaux et de toutes les formations, y compris les biologistes sans expérience en bio-informatique. Les participants étaient invités à apporter leurs propres données et à préparer leurs questions.
L'atelier a été suivi du DREAM Challenges hackathon de MonBUG au HackerFest du Startupfest (voir ci-dessous).
DREAM Challenges hackathon¶
Le hackathon a eu lieu dans le cadre du HackerFest du Startupfest (HackerFest). Nous disposions d'une tente dans le Vieux-Port de Montréal pour 24 heures, avec tout le nécessaire fourni (courant, Internet, …), pour travailler sur des défis bioinformatiques impliquant l'apprentissage machine. Le site était ouvert aux participants officiellement inscrits de vendredi 17:00 à samedi 10:00.
Il y avait 5 DREAM challenges :
- The Digital Mammography DREAM Challenge
- Disease Module Identification DREAM Challenge
- Respiratory Viral DREAM Challenge
- ENCODE-DREAM in vivo Transcription Factor Binding Site Prediction Challenge
- ICGC-TCGA DREAM Somatic Mutation Calling RNA Challenge (SMC-RNA)
À la fin du hackathon, les participants ont présenté leur travail à leurs collègues, et les gagnants ont été choisis en se basant sur ces présentations.
Le hackathon a été tenu en collaboration avec Bricobio de Kevin Chen. Merci à Kevin de nous avoir invités! La plupart d'entre nous proviennent du monde académique, mais les organisateurs du Startupfest ont encouragé avec enthousiasme notre participation à l'événement.
Gagnantes¶
Félicitations aux gagnantes du hackathon, Kira McLean, Nadia Tahiri et Vero Rebagliatte!
Kira, Nadia et Vero ont travaillé toute la nuit sur le Digital Mammography DREAM Challenge, et sont arrivées à des résultats impressionnants. Leur projet complet devait être présenté à la fin de la compétition en-ligne de ce Challenge, en décembre.
Merci à tous ceux qui ont participé!
Liens: